Para desvelar las diversas épocas de la villa hay que hablar de arqueología, y así conocer su época prehistórica y su historia antigua, sobre todo en la época romana, en la que cruzó el Desfiladero la Vía Aquitania que unía las tierras de Las Galias y de Hispania hasta Galicia. Pero en la Edad Media Pancorbo se convirtió en una de las claves de la historia de Castilla, desde su incorporación al primitivo condado a finales del siglo IX. Pancorbo, con sus roquedos y sus castillos, fue un bastión para la Castilla de Las Merindades y fue su Extremadura, como se la llama en un documento del año 893. Existía mucha documentación medieval, aunque desperdigada, sobre el Pancorbo de esta época.
Hasta cinco poblamientos sumó Pancorbo a su villazgo: Cuevagallegos, Fuentemiel, Hoyuelo, San Juan y Villanueva de los Judíos. Tuvo ferias y mercados, un campo defensivo y escarpado; fue cabeza de la Merindad de Bureba; prestó sus senderos al Camino de Santiago; alzó templos y ermitas y fue autónomo en pan y vino, en ovejas, tejidos y tenerías y supo hacer del Oroncillo un río de molinos; y supo además buscar y contratar artistas para sus templos y casonas. El nombre de la villa, con una curiosa e interesante etimología, aparece en un documento fechado el 1 de julio del año 957 procedente del monasterio riojano de San Millán de la Cogolla. Respecto al uso de la B o la V se ha generalizado el uso de Pancorbo, aunque la manera legítima de escribirlo sea con V.
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